Flen är medlemmar i Nyköpingsåarnas vattenförbund
Kommunen är en av många medlemmar i Nyköpingsåarnas Vattenvårdsförbund. Förbundet är en ideell organisation som bland annat övervakar vattenkvaliteten i systemet. Visste du att de allra flesta sjöar och vattendrag ingår i Nyköpingsåns vattensystem? Med det menas att de förr eller senare rinner ut i Nyköpingsån, som i sin tur rinner vidare ut i Östersjön i Nyköpingstrakten.
Sveriges sjöar vattendrag och kustvatten är indelade i fem vattendistrikt. Flens kommun ingår i Norra Östersjöns vattendistrikt. I varje vattendistrikt finns en vattenmyndighet. Vattenmyndigheten i Norra Östersjöns vattendistrikt har klassificerat och antagit miljökvalitetsnormer för ett antal så kallade vattenförekomster. På Länsstyrelsens hemsida VISS kan man se uppgifter om kvalitet med mera i ytvatten (sjöar, vattendrag och kustvatten) samt grundvatten.
Kalkning av försurade sjöar har pågått i Flens kommun sedan 80-talet. Kalkningen görs utifrån en regional kalkningsplan som tas fram av länsstyrelsen. I Flens kommun ingår fyra sjöar i programmet (Ältaren, Ungsjön, Hedsjön och Acksjön). Kalkningen sköts och bekostas av kommunen (som upphandlar entreprenör). Kommunen får statsbidrag till verksamheten.