Flens kommun är indelad i tre förvaltningar:
- Barn-, utbildnings- och kulturförvaltningen
- Kommunledningsförvaltningen
- Socialförvaltningen
Kommunens ledningsgrupp
Kommunens ledningsgrupp består av:
- Kommunchef
- förvaltningschefer
- HR- och kommunikationschef
- ekonomichef
- kommunjurist/IT-chef
- näringslivschef
- avdelningschef demokratiservice
- avdelningschef samhällsutveckling.